14 Августа 2005 года на площади Никонова около Академического русского драматического театра драмы имени Г.Константинова Республики Марий Эл общественное движение "Марий Ушем" проводило митинг в защиту прав человека. На данный митинг он был приглашен организаторами в качестве одного из выступающих, где выступил с критикой в адрес президента Республики Марий Эл. По данному факту Прокуратурой Йошкар-Олы в отношении Пирогова было возбуждено уголовное дело. Мировым судом он был признан виновным в клевете в адрес должностного лица и приговорен к 6 месяцам лишения свободы условно с испытательным сроком в 1 год. Данный приговор вступил в законную силу, несмотря на обжалования.
Судом были отклонены все ходатайства, в которых Пирогов просил прекратить уголовное преследование, так как состава преступления по той статье, что его осудили, не имеется, полагают правозащитники. Не имеется по той простой причине, что согласно международным стандартам (Европейскую Конвенцию Россия добровольно обязалась соблюдать), нельзя человека привлекать к уголовной ответственности за критику в адрес должностного лица. Именно прокуратура, игнорируя нормы международного права, смогла возбудить уголовное дело и довести его до суда.
На сегодняшний день в Европейском cуде находится 17 жалоб, поданных жителями Республики Марий Эл. Предметом жалоб в Марий Эл является бесчеловечное обращение со стороны сотрудников милиции, нарушение права на справедливое судебное разбирательство, а также на свободу вероисповедания, нарушение свободы жизни, права на эффективные средства правовой защиты, нарушение свободы частной жизни, нарушение запрета на двойное наказание за одно и то же правонарушение.
