Вячеслав Наговицын родился в 1956 году в городе Глазове Удмуртской АССР. В 1978 году окончил Томский политехнический институт (в настоящее время - Томский политехнический университет) по специальности "инженер-механик".
После окончания вуза работал на Томском приборном заводе, вначале инженером, затем секретарем комитета комсомола, заместителем начальника цеха, начальником цеха. В 1986 году был назначен главным инженером Томского завода измерительной аппаратуры, затем - генеральным директором завода.
В 1992 году получил еще одно высшее образование, окончив Академию народного хозяйства при правительстве РФ по специальности "менеджер высшей категории". С марта 1998 года по декабрь 1999 года работал в должности заместителя главы администрации Томской области по промышленности и поддержке предпринимательства. В декабре 1999 года возглавил правительство Томской области, одновременно замещая должность первого заместителя главы администрации Томской области.
С 2002 года - председатель координационного совета по лесному хозяйству и лесопромышленному комплексу. Возглавляет областную трехстороннюю комиссию по регулированию социально-трудовых отношений, региональное отделение комиссии по подготовке управленческих кадров, координационный совет по развитию кадрового потенциала области. Имеет двух сыновей, дочь и двух внуков.