Между тем стало известно, что А ракчеев отребовал назначить ему адвокатом Алексея Дулимова, который защищал полковника Юрия Буданова. Он заявил, что предоставленный ему судом адвокат некомпетентен и безынициативен. Суд согласился с доводами обвиняемого, однако оставил в процессе и прежнего адвоката.
1 февраля военная коллегия Верховного суда РФ по просьбе депутатов Госдумы отменила решение Северо-Кавказского окружного военного суда об аресте офицеров Внутренних войск Сергея Аракчеева и Евгения Худякова, обвиняемых в убийстве мирных жителей в Чечне, и вернула в качестве меры пресечения подписку о невыезде. Нанануне заседания коллегии Верховного суда, ходатайство о личном поручительстве было направлено в Верховный суд от имени Дмитрия Рогозина (фракция "Родина"), Сергея Бабурина (вице-спикер от фракции "Родина - Народная воля - СЕПР - Патриоты России"), Алексея Митрофанова (фракция ЛДПР), Евгения Ройзмана, Андрея Савельева (фракция "Родина"), в котором была изложена просьба изменить меру пресечения Аракчееву и Худякову под личные гарантии депутатов.
28 января рядом националистических организаций при участии нескольких депутатов госдумы, в частности Дмитрия Рогозина, была проведена акция "в защиту политзаключённых", на которой звучали требования к освобождению из под стражи офицеров Внутренних войск Сергея Аракчеева и Евгения Худякова, обвиняемых в убийстве мирных жителей в Чечне, а так же отставного полковника ГРУ Владимира Квачкова. Дело Худякова и Аракчеева Северо-Кавказский окружной военный суд рассматривает в третий раз. Военнослужащих дважды оправдал суд присяжных. Военная коллегия Верховного суда РФ два раза отменяла приговор и возвращала дело в суд на новое рассмотрение.
В апреле 2006 года Конституционный суд России, рассмотрев запрос президента Чечни Алу Алханова, постановил, что особо тяжкие дела по преступлениям, совершенным на территории республики, должны рассматриваться военными судами без участия присяжных. На основании этого решения предыдущий оправдательный приговор по делу двух офицеров был отменен, а дело было направлено на новое рассмотрение в суд.
Младший лейтенант Сергей Аракчеев обвиняется в убийстве, разбое и превышении должностных полномочий. Лейтенанту Евгению Худякову предъявлены обвинения по статьям "убийство", "разбой", "умышленное уничтожение имущества", "превышение должностных полномочий".