29 мая суд удовлетворил ходатайство защиты о госпитализации Михаила Трепашкина из-за приступа бронхиальной астмы. Его увезли из суда в 4-ю горбольницу Нижнего Тагила на машине "скорой помощи". В связи с этим судья Дмитрий Ильютик объявил о бессрочном перерыве рассмотрения дела о переводе Трепашкина из колонии-поселения в колонию общего режима.
В понедельник 29 мая суд начал рассмотрение представления руководства исправительной колонии №13 о переводе Трепашкина из колонии-поселения в колонию общего режима.
Михаил Трепашкин подал два ходатайства – об отводе судьи и прокурора. Судья Дмитрий Ильютик отклонил ходатайство о недоверии суду, поскольку, по его мнению, для этого нет оснований. При этом он удовлетворил ходатайство об отводе прокурора на том сновании, что прокурор, поддерживающий обвинение, сам подавал рапорты на наложение на Трепашкина взысканий, за которые его собираются перевести в колонию общего режима.
Как сообщал Каспаров.Ru, Трепашкин проводил две голодовки, протестуя против действий руководства колонии. По словам адвоката Трепашкина Дмитрия Рожина, администрация колонии фальсифицирует сведения об условиях содержания заключенных.
19 мая 2004 года Михаил Трепашкин был осужден Московским окружным военным судом за разглашение государственной тайны на четыре года лишения свободы. Наказание он отбывал в колонии №13 Нижнего Тагила. 30 августа 2005 года Нижнетагильский городской суд по ходатайству адвокатов принял решение об условно-досрочном освобождении Трепашкина, однако Свердловский областной суд отменил это решение. После этого бывший полковник ФСБ был арестован в Москве и этапирован в Екатеринбург, откуда затем отправлен в Нижний Тагил. На заседании 24 ноября городской суд постановил отказать Трепашкину в условно-досрочном освобождении. После этого адвокаты обжаловали данное решение, однако 15 марта Свердловский суд подтвердил законность отказа.