Как рассказал адвокат Трепашкина Сергей Кузнецов, условия содержания в новом следственном изоляторе оказались гораздо хуже, чем в колонии-поселении №13, где бывший полковник содержался до этого. В камере нет матрасов, одеял, зеркала, телевизора, радио и газет. Кроме того, у заключенного забрали все лекарства, которыми он лечится от бронхиальной астмы. В то же время адвокаты Трепашкина отмечают подъем настроения у своего подзащитного.
19 мая 2004 года экс-сотрудник ФСБ был осужден Московским окружным военным судом за разглашение государственной тайны на четыре года лишения свободы. Наказание он отбывал в колонии №13 Нижнего Тагила. 30 августа Нижнетагильский городской суд по ходатайству адвокатов принял решение об условно-досрочном освобождении Трепашкина, однако Свердловский областной суд отменил это решение. После этого бывший полковник был арестован в Москве и этапирован в Екатеринбург, откуда затем отправлен в Нижний Тагил.
Ранее Трепашкин неоднократно заявлял, что дело против него было сфальсифицировано и связано с его общественной и адвокатской деятельностью: в частности, он вел независимое расследование обстоятельств взрывов домов в Москве в сентябре 1999 года.
По версии обвинения, проходя с 1984 по 1997 годы службу в КГБ СССР и ФСБ РФ, Трепашкин копировал служебные документы, которые в дальнейшем незаконно хранил у себя дома. Во время обыска дома у него были изъяты следственные материалы КГБ СССР, министерства безопасности РФ, ФСК и ФСБ как в письменной форме, так и на дискетах. Экспертиза признала секретными около 30 документов, в частности протоколы следственных действий по делам 1997 года, расследованием которых занимался Трепашкин. Разглашением сведений, составляющих гостайну, следствие считает передачу им своему бывшему коллеге - полковнику ФСБ Виктору Шебалину - материалов-сводок прослушивания телефонных переговоров членов Гольяновской организованной преступной группировки (в них, по мнению следствия, содержались данные о методах работы ФСБ).
