Как отмечают авторы документа, закон необходим, чтобы ликвидировать правовой вакуум в вопросах подтверждения права плательщиков НДС на применение нулевой ставки, в частности, при поставках товаров в особые экономические зоны. Предлагаемые изменения устраняют несоответствие Налогового кодекса со вступившими в силу с 1 января 2006 года поправками в закон "Об особых экономических зонах в РФ" и главу 21 части II Налогового кодекса. Закон расширяет перечень таможенных режимов (экспорта, транзита, перемещения припасов), дополняя его режимом свободной таможенной зоны с нулевой ставкой НДС.
Между тем члены Совета Федерации посчитали, что отдельные нормы закона могут привести к ухудшению положения некоторых налогоплательщиков, и наложили на него вето. По мнению сенаторов, на основании поправок с формальной точки зрения налогоплательщики будут обязаны не только восстановить принятые к вычету суммы налога, но и уплатить соответствующие пени и штрафы.
Исходя их этого верхняя палата решила создать согласительную комиссию по данному вопросу. Однако члены профильного думского комитета не разделяют этого мнения и на ближайшем заседании Совета Госдумы 14 февраля предложат включить этот вопрос в повестку дня пленарного заседания 15 февраля.
Предлагаемые поправки в Налоговый кодекс были приняты Госдумой еще 20 января 2006 года, однако 8 февраля Совет Федерации их отклонил.