Региональное Управление ФРС обвиняет председателя организации Евгения Кислова в том, что он "неоднократно не представил в установленный срок" в Росрегистрацию сведения о деятельности Правозащитного центра. В Железнодорожном суде Улан-Удэ УФРС требуют признать организацию прекратившей деятельность и исключить данные о ней из единого государственного реестра юридических лиц. Интересы правозащитников в суде представляет "АГОРА".
Евгений Кислов связывает судебное преследование Правозащитного центра с работой организации. С 1997 года правозащитники Бурятии безвозмездно помогают жителям республики отстаивать свои права, ущемленные действиями должностных лиц органов государственной власти. Организация является региональным координатором Московской Хельсинкской группы и постоянно принимает участие в ежегодном докладе МХГ "Мониторинг прав человека в России", отслеживая факты национализма и ксенофобии в регионе, нарушения прав человека представителями государственных органов, в частности, в местах лишения свободы.
Также организация является партнером движения "За права человека" и Международного бюро по правам человека. В последнее время Республиканский правозащитный центр активно ведет дела по профессиональным заболеваниям. Так правозащитники добились выплаты 900 тысяч рублей от Фонда социального страхования мужчине, который систематически недополучал пенсию по профзаболеванию. Кроме единовременной выплаты пенсионеру в несколько раз увеличили размер пенсии.
