После принятия поправок в Мосгордуме единороссы планируют обратиться с законодательной инициативой в Госдуму. Инициатива единороссов вызвала возмущение у правозащитников и фракции "Яблоко" в Мосгордуме. Яблочники уже потребовали, чтобы "Единая Россия" отозвала свой проект поправок, назвав законопроект "заявкой на тотальный государственный контроль над общественными организациями". "Я, например, возглавляю Комитет защиты москвичей - общественное объединение, защищающее горожан от незаконной застройки. На мой взгляд, такой общественной организации совершенно не обязательно становиться на государственный учет", - комментирует депуат Сергей Митрохин. В случае принятия законопроекта на федеральном уровне пострадают тысячи организаций, которые действуют без образования юридического лица.
Мосгордума отложила рассмотрение проекта поправки в закон о процедуре регистрации общественных организаций, сообщил председатель московской городской думы Владимир Платонов. Владимир Платонов также подчеркнул, что никакого вмешательства извне на рассмотрение поправки в закон не было.
23 декабря 2005 года закон об НКО был одобрен Госдумой, а 27 декабря - Советом Федерации. Президент России Владимир Путин 10 января подписал закон об НКО. Документ конкретизирует порядок госрегистрации российских и иностранных некоммерческих организаций. Для иностранных НКО вводится уведомительный характер регистрации, которая проводится в Федеральной регистрационной службе, а не в МИДе, как ранее. В то же время иностранные НКО, которые не являются российскими юридическими лицами, могут продолжать работу с прежним статусом. Перерегистрация иностранных НКО не требуется, однако они должны подать уведомление в регистрационную службу не позднее шести месяцев со дня вступления закона в силу.
Российские и международные правозащитники, представители Запада и самих некоммерческих организаций не раз заявляли, что закон об НКО окажет негативное воздействие на деятельность таких организаций в России. Эксперты Совета Европы считают, что закон устанавливает слишком высокий контроль государственных органов над НКО, так как власть получает возможность устраивать некоммерческим организациям бесконечные проверки. Между тем Путин после переговоров с немецким канцлером Ангелой Меркель 16 января заверил, что в закон внесены поправки, учитывающие рекомендации западного и российского сообщества, и что ущерба деятельности НКО нанесено не будет.